정부로부터 위탁받은 위험물 검사용역의 수익사업 해당여부

비영리법인이 국가로부터 위탁받은 위험물 검사용역 사업을 영위하면서 위·수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 국가에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 「법인세법」제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임

[회신] 비영리법인이 국가로부터 위탁받은 위험물 검사용역 사업을 영위하면서 위·수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 국가에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 「법인세법」제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것으로 해당 법인은 같은 법 제113조의 규정에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것임 1. 사실관계 ○ 당사는 ｢민법｣ 제32조 의 규정에 의하여 허가(해양수산부)받아 설립한 비영리 재단법인임 ○ 당사는 ｢선박안전법｣ 제41조 제2항 및 제65조 제1항과 ｢위험물 선박운송 및 저장규칙｣ 제205조의 규정에 따라 - 위험물 적재검사, 컨테이너 수납검사 등을 수행하는 기관으로 지정받아 정부위탁사업을 영위하는 대행기관임 ○ 당사는 정부로부터 위탁받은 ‘위험물 적재검사, 컨테이너 수납검사’ 업무수행 후 의뢰 사업자로부터 수수료 및 비용을 받을 수 있고(정관§6③), - 당사의 회계는 목적사업회계외 수익사업회계로 구분한다(정관§19)라고 되어 있음 ○ 상기 수수료는 ｢선박안전법｣ 제80조 및 ｢물가안정에 관한 법률｣ 제4조 와 같은 법 시행령 제6조의 규정에 따라 정부로부터 승인된 수수료를 수납하고 있음 ○ 감사원의 해양수산부 감사 시 정부업무위탁기관 실태조사 과정에서 감사원은 당법인이 고유목적사업 수행 시 수납하는 위탁검사 수수료가 비수익사업에 해당한다고 지적하였음 2. 질의내용 ○ 비영리법인이 의뢰사업자로부터 정부위탁업무(고유목적사업)인 위험 물 적재검사 및 컨테이너 수납검사의 수수료(정부승인요율)수입의 수익사업 해당여부 3. 관련 법령 ○ 법인세법 제2조 【납세의무】 ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. <개정 2010.12.30> 1. 내국법인 2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인 ② 삭제 <2008.12.26> ③ 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. <개정 2010.12.30> ④ 연결법인은 제76조의14제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세(각 연결법인의 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세를 포함한다)를 연대하여 납부할 의무가 있다. <개정 2014.12.23> ⑤ 내국법인 및 외국법인과 「소득세법」에 따른 거주자 및 비거주자는 이 법에 따라 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다. <개정 2010.12.30> ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다. <개정 2014.12.23> 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득(淸算所得) 3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득 4. 제56조에 따른 미환류소득 ② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다. ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입 (이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2013.1.1> 1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조제1항 에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조제1항 에 따른 배당소득 4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입 7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 ④ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조에 따른 국내원천소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득만 해당한다. ○ 법인세법 제113조 【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. ○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. <개정 2014.3.24> 4. 관련 사례 ○ 서면법규과-777(2014.7.22.) 비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업 (이하 “해당사업”)을 영위하면서 위·수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 ｢법인세법｣ 제2조제3항 에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임 ○ 법인세과-312(2011.4.28.) 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업은 ｢법인세법시행령｣ 제2조제1항 에 따라 법인세 과세대상인 수익 사업에 해당되나, 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업의 손익이 국가에 귀속될 경우에는 해당 사업에서 발생한 손익은 같은 법 제2조에 따라 법인세 과세대상이 되지 아니함